伊莉雅は、穂群原学園に通う普通の女の子。ある日、自称・人工天然精霊の魔法ルビー万華鏡の杖と出会い、強制的に契約を結ばされ、魔法少女プリズマ☆イリヤに変身してしまう。しかも、赤い宝石の星の持ち主となった彼女は、万華鏡の杖の元所有者である魔術師・遠坂凛の下僕にされ、その命令で、冬木市に眠る危険なカードの回収を手伝わされることになって…。