西暦2015年。人理継続保障機関・カルデアは、魔術と科学の両分野の専門家を集め、人類の未来を観測し、絶滅の可能性を検証していた。人類の存続は今後100年間保証されているかに見えたが、その判定は突然変わる。2016年、人類は滅亡の運命をたどると宣告されたのだ。原因は不明だが、日本の町・冬木市と、2004年に起きた第五次聖杯戦争に関連しているようだ。 これに対し、カルデアは実験的な時間移動技術「レイシフト」を起動する。これにより、組織に新たに加わった青年・藤丸立香と、謎の少女マシュ・キリエライトは2004年に遡り、人類を救う方法を探ることになる。運命に抗うためのグランドオーダーが下された――過去を変え、未来を取り戻すための命令が。