『Fairy gone フェアリーゴーン』第2シーズン。 かつて妖精そのものを兵器として利用する「妖精兵」が戦争の主力となった世界。大戦は終結したが、各地には未だに危険な妖精や、戦後も「妖精兵」としての能力を使い、社会に適応できない元軍人が存在していた。 主人公マリア・ノエルは、そうした妖精関連の事件を処理する「妖精捜査官」として、ドリアン・ランドマンやヴェロニカ・ソーンら仲間と共に、組織の陰謀や自らの過去と向き合いながら戦う。 新たな脅威が現れる中、マリアは自らの運命と、この世界の真実に迫っていく。