物語は、『ソードアート・オンライン』の事件から数年後。桐ヶ谷和人（キリト）と妹の桐ヶ谷直葉は、SAO生存者学校で結城明日奈、篠崎里香（リズベット）、綾野珪子（シリカ）と合流する。キリトは緊急カウンセリングに出席する一方、女の子たちはプールへと向かう。しかし、その「緊急カウンセリング」とは、菊岡誠二郎が仕組んだ口実であり、茅場晶彦の動機を解明すべく、ソードアート・オンライン事件を再検証するためのものだった。プールでは女の子たちに何が起こり、キリトを待ち受ける「カウンセリング」の行方は？ [Written by MAL Rewrite]