西暦200X年、ネットワーク技術の目覚ましい発展により、人類は全く新しいネットワーク時代に突入した。誰もがPETと呼ばれる小型のパーソナルコンピュータを携帯し、その中には「ネットナビ」と呼ばれる人工知能が搭載されている。PETとネットナビの発明は人々の生活に多くの恩恵をもたらしたが、ネットワークハッカーやウイルスの拡散、ハイテク犯罪もまた深刻な問題となっていた。 　　光熱斗は秋原町に住む小学5年生の少年。5年生に進級した時、父親がプレゼントとして設計した個人用ネットナビ・ロックマンと共に、学校の仲間たちとネットナビチームを結成し、ネットワーク上で発生する問題の解決に取り組む。やがて、これらの不可解な犯罪の黒幕が悪の組織ＷＷＷであることを知る。ＷＷＷのネットナビ破壊計画とウイルス拡散を阻止すべく、ロックマンは幾度となく戦いを繰り広げる。謎の人物や伊集院炎山の助けも借りながら、光熱斗とロックマンは勇敢に犯罪と闘う。ロックマンと熱斗、仲間たちの友情とチームワークは、果たしてＷＷＷ組織の邪悪な野望に打ち勝つことができるのか？