物語は、第3新東京市立NERV学園という名の学校で繰り広げられる。校長は厳格で無口な碇ゲンドウ。校長の息子である碇シンジは大きなプレッシャーを感じていた。そんな中、外国から来た赤髪の転校生アスカ、三人に分裂して姉妹として登場する綾波レイは、シンジの学校生活に大きな変化をもたらす。さらに、原作で巨大でカッコよかった初号機も、小さく可愛い姿で学園の一員としてアニメに登場する。本作は『新世紀エヴァンゲリオン』のキャラクターをモチーフに、原作の重厚でシリアスな雰囲気を一変させ、楽しい学園生活を描く。制作陣は初めて3Dのちびキャラ造形を採用し、実写背景と2Dのコラージュを組み合わせ、多様な画風を創り出している。