人生の意味を見出そうと、航空自衛隊に入隊した甘粕ひそねは、岐阜基地に配属される。基地内の知られざる区域を訪れた彼女は、自衛隊最大の秘密「有機変形飛行体（OTF）」、すなわち航空機に擬態する能力を持つ竜と遭遇する。OTFに飲み込まれ、吐き出された後、指揮官たちから、この出来事は彼女が長きにわたる「竜操縦士」の次期継承者に選ばれたことを意味すると告げられる。 同僚のパイロット候補生たち、そして彼女専用のOTF「まそたん」と共に、ひそねは自らの不安と向き合い、竜操縦士としての真の可能性を見出し、OTFに隠された秘密を解き明かしていかねばならない。