自称「世界一不幸な美少女」の春風どれみは、ずっとこの世に魔女がいることを信じており、自分が魔女になったら好きな人（当時は五十嵐先輩）に告白できると願っていた。 ある日の放課後、春風どれみは「新旗山リカ魔法堂」という店の前を通りかかる。中を覗いてみたとき、偶然にも当時の魔法堂の店主──「魔女リカ」が魔女であることを見破ってしまい、彼女を魔女ガエルに変えてしまった。見破った者が魔女になることでしか魔女リカを元に戻せないため、どれみは魔女見習いとなり、見習い魔女の9つのレベル（9級から1級）の試験に合格し、魔女の証である自分の水晶球を手に入れて、正式な魔女になることを目指す。その過程で、はづき、あいことどれみの妹ぽぷらも、どれみが魔女見習いであることを知り、どれみを魔女ガエルにさせないために、次々と魔女見習いとなった。魔力を使うために必要な魔法の玉を稼ぐため、彼女たちは魔法堂でよく手伝いをした。その間、少しずつ昇級試験にも挑戦していく。昇級試験の途中、どれみたちは精霊たちと出会い、共に過ごすようになる。