三兄弟は、かつて「大蛇」を滅ぼした後に禁止された人体実験が、今も密かに邪悪な蛇を蘇らせるために続けられていることを知る。さらに、その陰謀には元・八岐大蛇討伐部隊「ヤマイヌ」の関係者も関わっていることを突き止める。兄弟は再び共に戦い、軍との戦いに身を投じる。