世界中の誰もがスマートフォンアプリを使っている。しかし、その中には「アプリモンスター」、通称「アプモン」と呼ばれる未知の生命体が潜んでいた。アプモンは思考し行動するAI生命体で、人間世界とデジタル空間の狭間に存在する。広大なインターネットの海で、「ラスボスAI」レヴィアタンがウイルスでアプモンを支配し、あらゆるシステムをハッキングし始める。こうしてネットの世界から人間社会の支配を開始した。新海ハルは導かれるようにアプリドライブを手にし、検索アプリモンスター・ガッチモンを実体化させる。