デジタルワールドへの扉が閉ざされてから３年。八神太一たちはそれぞれの日常を送り、高校２年生になった太一も、そろそろ大人になる時だと思っていた。周りの友達は将来の目標を見つけているのに、自分だけが進むべき道を見出せずにいる。そんな中、選ばれし子どもたちはそれぞれの道を歩み、少しずつ距離が生まれ始めていた。 ある日、街の電子機器をかく乱する謎の昆虫型デジモン・クワガーモンが現実世界に実体化する。無謀にも単身で追跡する太一は、襲い来るデジモンに追い詰められてしまう。その時、彼が今も持ち続けている、相棒のデジモンを進化させるなど様々な機能を持つデジタルデバイス・デジヴァイスが輝き、アグモンが現れる。二人はクワガーモンを撃退することに成功するが、そもそもなぜデジモンがこの世界に現れたのか？デジタルワールドで何が起きているのか？そして、太一のクラスに転校してきた望月芽心は、この事件とどう関わっているのか？