感染デジモン――凶暴化し、異様なパワーアップを遂げたデジタルモンスターたちが、現実世界へと侵攻を始めた。謎の機関・内閣官房情報局の幹部、姫川マキと西島大吾は、その事態の解明に動く一方で、選ばれし子どもたちの多くは、月島総合高等学校の夏祭り準備に追われていた。 長年アメリカで過ごし、帰国したばかりの太刀川ミミは、クラスメイトや仲間の子どもたちとの関係に悩んでいた。一方、城戸丈は勉強に没頭することで、デジモンに関わる一切の問題から意図的に距離を置き、その結果パートナーのゴマモンは家出してしまう。ミミと丈のそれぞれの行動は、感染デジモンの脅威が迫る中、グループ内に軋轢を生み出す。二人はこの個人的な衝突を乗り越え、仲間と共に新たな脅威に立ち向かうことができるのか？