選ばれし子どもたちは、新たに仲間に加わった望月芽心とそのパートナーデジモン・メイクーモンの裏切りに衝撃を受けていた。泉光子郎は、メイクーモンを支配した感染の原因を究明すべく奮闘する。一方、高石タケルは、自身のパートナーであるパタモンが、メイクーモンと同じく感染したデジモンに見られる恐るべき症状を示し始めていることに気付く。 その時、選ばれし子どもたちのもとに、謎の存在ホメオスタシスからのメッセージが届く。ホメオスタシスは、彼らの世界とデジモンの故郷であるデジタルワールドの両方が、完全なる破滅の危機に瀕していると告げる。ホメオスタシスは「リブート」を実行し、デジタルワールドを構成する全てのデータをリセットして感染を根絶する計画だ。しかし、リブートは子どもたちのパートナーを含む全てのデジモンの記憶をも消去してしまう。選ばれし子どもたちは、リブートが必要となる前にメイクーモンを止めることができるのか？それとも、これは彼らとデジモンたちとの絆の終わりを意味するのか？