望月芽心は恐怖に打ち震える。彼女のパートナーデジモン・メイクーモンは、強制的にメイクラックモンへと進化し、その過程で邪悪な影響下に堕ちてしまった。メイクラックモンが他の場所で破壊の限りを尽くすため消え去ると、デジタルワールドそのものが芽心や他の選ばれし子どもたちの存在を拒絶し始めたかのようだ。襲い来る様々な敵から逃れながら、一行は帰還の道を模索する。 一方、人間界では、謎の存在ホメオスタシスの使者が、芽心の父と、認可行政法人の西島大吾のもとを訪れ、メイクーモンの起源について語る。使者は二人に、ホメオスタシスがこのデジタルモンスターを消滅させる計画であることを伝える。それにより、選ばれし子どもたちの意思にかかわらず、これ以上デジモンが人間界に現れるのを防ごうとしているのだ。