東京・渋谷がハロウィンシーズンで賑わう中、渋谷ヒカリエでは結婚式が行われており、佐藤はウエディングドレス姿だった。招待されたコナンたちが見守る中、突然暴漢が乱入し、佐藤をかばった高木は負傷してしまう。高木は一命を取り留め事態は収束したが、佐藤の目には、3年前に連続爆破事件で殉職した恋人の松田陣平の最期の際に見た死神のイメージが、高木と重なって映っていた。 その頃、連続爆破事件の犯人が刑務所から脱獄。公安警察の降谷零／安室透は、同期を殺した男を追うが、突然変装した謎の人物が現れ、彼の首に首輪爆弾を装着する。 首輪爆弾の解除のため、安室が潜伏する地下シェルターを訪れたコナンは、3年前、安室と警察学校の同期（現・殉職）が渋谷で遭遇した、正体不明の仮想爆破犯「プラミヤ」の事件を知る。コナンたちが調査を進める中、不気味な影が彼らに迫り始める。