日本では、東京で世界最大のスポーツ祭典「WSG（ワールド・スポーツ・ゲームス）」の開催が目前に迫っていた。開会式に合わせ、名古屋新駅～芝浜駅間に、日本の技術の粋を集めた最高時速1000kmの世界初の『真空超電導リニア』が開業し、東京に設置されることが発表される。世界中の注目が集まる中、有名な大会スポンサーが集うパーティー会場で事件が発生。企業のトップが次々と誘拐される異常事態に陥る。その裏では、事件を監視する赤井秀一、そして秀一の指示を待つFBIの姿があった。 コナンの推理により、15年前にアメリカ・ボストンで起きたWSG連続誘拐事件との関連性、そしてその事件もFBIの管轄下にあったことが明らかになる。これは偶然なのか？世界中のあらゆる人種が集う日本で、いったい何が起こるのか？