工藤新一は江戸川コナンとしての日々を送っているが、その生活もそろそろ終わりを告げようとしていた。黒の組織が新一の生存の真実に危険なほど近づいている。警察に潜入し、連続殺人事件を調査している黒の組織の一員・アイリッシュを見つけ出せなければ、コナンと周りの人々は皆、命を落とすことになるかもしれない。