特別編は二つの短編で構成。前半は、これまでテレビ未放送だった「名探偵コナン 逃亡者・毛利小五郎」を再構成して拡大したエピソード。後半は、正月にふさわしい完全新作の謹賀新年ストーリーとなっている。