街に灯がともる夜、ゴッサムシティでは盛大な年間人物授賞式が行われていた。野心に燃える大統領候補レックス・ルーサー（声：クランシー・ブラウン）は、気ままなブルース・ウェイン（声：トロイ・ベイカー）に敗れ、満足できずにいた。拍手が鳴り響く中、ジョーカー（声：クリストファー・コーリー・スミス）が手下を率いて式典を襲撃し、金品を強奪する。その時、バットマン（声：トロイ・ベイカー）とロビン（声：チャーリー・シュラッター）が駆けつけ、この盗賊団を法の裁きにかけ、刑務所へ送り込んだ。一方、レックスは邪魔者であるバットマンとスーパーマン（声：トラヴィス・ウィリンガム）を排除するため、秘密裏に新型兵器を開発し、刑務所からジョーカー一味を逃がす。その後、ジョーカー一味は各地で一連の破壊活動を展開し、正義の戦士たちは勇敢に立ち向かっていく。 レックスとスーパーマンとの戦いが全面展開を迎える……