遠い未来、人類は「叫竜」と呼ばれる巨大な獣によって絶滅の危機に追いやられ、生き残った人々は「プランテーション」と呼ばれる巨大な要塞都市に避難していた。ここで育てられた子供たちは、叫竜に対して唯一有効な武器である巨大ロボット「フランクス」を、男女一組で操縦するように訓練される。これらの機械を操縦するためだけに育てられた彼らは、外の世界を知らず、ただ種族を守ることによってのみ自らの存在を証明することができた。 フランクスパイロットを志すヒロは、適性試験に失敗した後、意欲と自信を失っていた。クラスの卒業式をすっぽかし、森の湖に逃げ込んだヒロは、頭に二本の角が生えた謎の少女と出会う。彼女はコードネーム「ゼロツー」と名乗り、それは「パートナーキラー」として知られる悪名高いフランクスパイロットのものだった。ヒロがこの出会いを理解する間もなく、プランテーションは突然の叫竜襲撃に襲われる。ゼロツーは自身のフランクスで叫竜と交戦するが、戦闘で大きく損傷し、ヒロの近くに墜落してしまう。相棒が死んでいることを知ったゼロツーは、ヒロに自分と一緒にフランクスを操縦するよう誘い、二人はその後の戦闘で叫竜を容易に倒す。新たなパートナーを得たヒロは、過去の失敗を償う機会を与えられたが、その代償は何なのか？