本作の物語は、宇宙人シリリが到来し、ひろしとみさえを子供にしてしまったことから始まる。両親を元に戻すため、しんのすけはお尻にシリリを隠し、日本を縦断する旅に出る。一方、シリリの父は巨大な陰謀を進めていた。