神化41年7月、晴れ渡るある日、人吉次郎は政府高官の科学者と産業スパイの極秘会談を密かに聴取する任務を受ける。しかし偽装が露見し、スパイは正体を現す──それは変身した宇宙人であった。混乱の最中、次郎はカフェの店員であり、魔法少女である星野輝子の助力を得る。彼女は社会に溶け込み、人類を宇宙の脅威から密かに守る数多の「超人」の一人だった。超人人口調査研究所という政府機関の一員として、次郎には人類を守る超人を保護する任務と、危険すぎると判断された超人を処分する任務の二つが課せられていた。有能な協力者であることを証明した輝子は、新たな調査員として機関への参加を招請される。 それから5年後──東京では超人への反感と嫌悪が日常となっていた。政府の腐敗や正義を巡る対立、超人人権の是非に至るまで、人間と超常的少数者との関係は、不安と不穏のささやきが蔓延る世界で危うい均衡を保っていた。不可解な状況下、次郎は機関を裏切り、逃亡者となっていた。雨に濡れる新宿の路地裏を潜む彼を追うのは、かつて自らが募った超人たちそのものであった。