深海棲艦という謎の敵が海を支配する中、レイテ沖での決戦の時が迫っていた。彼らと戦える唯一の存在である、軍艦の魂を宿した少女たち「艦娘」たちは、再編成を進めていた。その中で、白露型駆逐艦「時雨」は、第一遊撃部隊第三部隊、通称「1YB3H」に配属される。 しかし、時雨にとって不運なことに、1YB3Hは残された僅かな艦娘で構成された、囮としての艦隊だった。深海棲艦に正面から立ち向かわねばならない彼女たちにとって、これは最初で最後の任務となるかもしれない。それでも時雨は、敵にもう一人の仲間を奪わせるわけにはいかない。この特攻とも言える任務の中でレイテ沖へと進む1YB3Hの面々は、互いに支え合い、一艦娘としての意地を見せて生き延びなければならない。 [Written by MAL Rewrite]