「アーク艦隊」は壊滅し、その墜落により敵軍の大半も消滅した。残存する「聖ミカエル騎士団」がヴァイスヴォルフ城塞への最終攻撃を仕掛けるべく再編成する中、W-0は新たな盟友アシュレイ・アシュラと共に、これを迎え撃つ準備を整える。 一方、ギアスが暴走したシンは、弟の存在を完全に抹殺せんと動き出す。しかし、レイラに生きて帰ると誓ったアキトはその運命を受け入れず、二人は最後の戦いを繰り広げる。