-クラナド-　もうひとつの世界　智代編は、岡崎朋也が後輩の坂上智代と交際するという、もうひとつの現実を描いた物語である。 智代は次期生徒会長に選出された。これにより、学校の桜の木の伐採を阻止するという彼女の目標に向けて動き出すことができる。朋也は彼女のことを心から喜んでいるが、学校では不良として知られる彼と智代の関係は学内で噂の的となり、智代の生徒会長としての立場を危うくする可能性があった。生徒会副会長や学校側からさえ、朋也が智代と距離を置くよう警告されるなど、二人の関係に対する学校社会の否定的な見方は次第に明らかになっていく。 悪化する空気が朋也と智代の間に溝を広げる中、朋也は社会的な圧力に屈して言われる通りにするのか、それとも二人の愛がすべてに打ち勝つのか。