物語の舞台は近未来。超能力者の存在が当たり前になった時代。しかし、彼らと一般人の間の溝は完全には消えていない。若き天才科学者・皆本光一は、最強の超能力を持つ三人の少女――明石薫、三宮紫穂、野上葵の世話を任される。彼女たちは日夜、内務省特務機関の超能力支援研究局（通称・BABEL）の下で危険な任務に従事している。皆本光一の使命は、彼女たちを正しい道に導き、社会に役立つ人材に育て上げること。しかし、超がつくほどませていてわがままな三人の少女たちに、皆本は毎日頭を悩ませる日々を送る。