全てのクロウカードを再封印し、さくらカードへと変化させた後、木之本桜は友枝中学校の一年生となった。初登校の日、桜は想いを寄せる李小狼と再会し、彼が友枝町に戻ってくることを知らされる。さらに驚いたことに、小狼も同じ中学校に通うことになり、桜の人生は順風満帆に思えた。 しかし、眠りについた桜の夢に、謎のマント姿の人物が現れ、彼女は透明なカードに囲まれてしまう。恐怖で目を覚ました桜は、夢が現実となっていることに衝撃を受ける――さくらカードが全て透明に変わっていたのだ。未知の敵との夢のような遭遇、そして新たな魔法の鍵を手にしたことにより、カードキャプターさくらの新たな冒険が幕を開ける！