2005年の日本の沖縄。宮城ジョージの養女となった高校生・音無小夜は、平穏な日々を送っていた。彼女に唯一欠けていたのは、1年以上前の記憶だけ。しかし、その平穏な生活は、謎の吸血知性生物「翼手」の出現によって変わり始める。 一方、ハジは黒い服を身にまとい、チェロを奏でる謎めいた青年。彼が小夜と運命を共にする武士刀を少女・小夜に手渡したとき、歴史の歯車はついに回り始めた。 物語は、小夜と翼手との戦い、そして小夜の出生の謎を追うことを主軸に、小夜たちが世界各国で冒険を繰り広げる様子を描く。おおむね沖縄編（第1話-第7話、第14・15話）、ベトナム編（第8話-第13話）、ロシア編（第16話-第19話）、フランス編（第20話-第32話）、イギリス編（第33話-第40話）、アメリカ編（第41話-最終話）の六部構成となっている。