古き神話の世界に、人間界の自然の理を見守る精霊のような存在が住んでいる。その一人である少女・椿は、成人を迎え、自ら人間界を体験する通過儀礼を行わなければならない。嵐の中、漁網にかかってしまった彼女は、人間の少年に救い出される。 しかし、その事故で少年は命を落とし、椿は罪悪感に苛まれながら自分の世界へ戻る。その後、彼女は魂の管理者と出会い、自らの寿命の一部と引き換えに少年を蘇らせることを決意する。椿は知らなかった。世界の理に干渉することには、重大な代償が伴うことを。 『大鱼海棠』は、椿が自らの力の限界と向き合い、死と愛、そして自らの感情に葛藤する、犠牲と贖罪の物語である。彼女は、人間の少年を救うために全てを捧げるか、それとも世界の秩序のために道義的義務を捨てるかの決断を迫られる。