ゲンキはゲーム好きな少年。ある日、彼は『モンスターファーム』の世界に飛ばされ、少女ホリーやモチ、スエゾー、ゴーレム、タイガー、ホエールといったモンスターたちと出会う。彼らは、邪悪なムーを止めることのできる唯一のモンスター、フェニックスを復活させる方法を探す旅に出る。