ニューヨークの下水道で、辛くも逃れた濱戸良のペットのネズミ、スプリンターは、偶然にも他の4匹のカメと共に、アトムによって作られた変異液体に触れ、人間に近い姿の変異生物へと変貌した。これにより新世代のティーンエイジ・ミュータント・ニンジャ・タートルズが誕生する。スプリンターは、かつての主人である濱戸良から受け継いだ忍術と知識をカメたちに教え込み、いつか主人の仇を討つ日を願う。2003年のある日、成長し頭角を現し始めたタートルズは、ついに宿敵シュレッダーと遭遇する。シュレッダーはタートルズの一人、レオナルドを自らの配下に引き入れようとするが、惨敗に終わる。邪悪な本性を露わにしたアトム＝シュレッダーはタートルズとの初戦を開始するが、最終的にはスプリンターの加勢もあり、協力して撃退することに成功する。しばらくして、シュレッダーは復讐を開始し、レオナルドに重傷を負わせる。仲間の助けで危機を脱したタートルズは、傷を癒した後、ニューヨークに戻りシュレッダーとの第二の戦いに臨む。最終的にシュレッダーはレオナルドのトングの剣によって首を刎ねられるが、それは彼の機械の外殻に過ぎなかった。一方、タートルズは代償として、父親的存在であるスプリンターの行方を失ってしまう…。失踪した父親を探すため、タートルズはアトムの亡命者一族と出会い、彼らの歴史を知る。しかしその時、シュレッダーが再び現れる。激戦の末、シュレッダーはその正体を現す。アトム一族がワープゲートを使って地球から脱出するのを目の当たりにし、千年の復讐計画が水の泡となったシュレッダーは、逆上してタートルズもろとも自滅しようとする。最終的にタートルズはワープゲートを使って脱出に成功するが、シュレッダーは爆発の中に姿を消す…。