騒がしく混沌とした現代都市・東京。そこでは死体を喰らう怪人「喰種」が蔓延っていた。ある日、上井大学の普通の学生・金木研は、ある謎の女性と出会い、不可解な事故に巻き込まれる。これにより、波乱に満ちた運命の歯車が回り始める…