『RAIL WARS！』は、日本の鉄道システムが国有化されたままの並行世界を舞台とする。政府主導による安定した運営のおかげで、鉄道網は大きく発展を遂げていた。 高山直人は、国鉄職員になれば得られる安定した生活に憧れ、日本国有鉄道への入社を志す。そのためには、鉄道に関する知識はもちろん、あらゆる困難に立ち向かう覚悟が試される研修プログラムを突破しなければならない。 研修中、彼は運動神経抜群の桜井葵、常に空腹の岩泉翔、生き字引のような小海はるかといった個性豊かな研修生たちと出会う。彼らは共に、スリや爆破予告、さらには鉄道の民営化を求める過激派組織「RJ」の影に脅かされながら、研修期間を生き抜こうと奮闘する。