喘息の発作に頻繁に悩まされ、幼い佐々木アンナは無口で人付き合いが悪く、同年代の子たちから孤立していた。そのため里親は絶えず心配をしていた。医師の勧めにより、アンナは空気のきれいな田舎に送られ、よりリラックスした生活が健康を改善し、心を晴れやかにすることを期待される。スケッチという情熱に没頭しながら、アンナは海辺の小さな町で叔母と叔父と共に夏の日々を過ごす。 ある日、散策中にアンナは「湿った屋敷」として知られる廃墟の大邸宅を発見する。しかし、その邸宅は見た目ほど無人の場所ではなかった。彼女はマーニーという謎めいた少女に出会う。マーニーの明るい人柄は、夜ごと彼女に会いに戻るアンナを少しずつ殻から引き出していく。だが、この不思議な少女には見た目以上の秘密があるようだった。町での生活が終わりに近づくにつれ、アンナは湿った屋敷の壁の向こうに隠された真実を知り始める。 『思い出のマーニー』は、自己発見と友情を巡る一人の少女の旅、そして彼女が生涯忘れないあの夏の、心温まる物語を紡ぎ出す。