双葉幼稚園の先生たちが園児のしんのすけたちを連れてクルーズ船に乗りに行くが、楽しい夕食の時間に、突然タイツ姿の女性が船に忍び込んでくる。彼女は実は秘密組織SMLのメンバーで、SMLは世界平和を守る組織であり、悪の組織「ブタのヒヅメ組」が世界征服を企むのを阻止するため、彼女をその悪の組織に潜入させ、計画の核心部品を盗み出させたのだ。しかし、彼女は逃亡の途中、誤ってしんのすけたちが乗っているクルーズ船に乗り込んでしまい、しんのすけたちも正義と悪の戦いに巻き込まれ、悪の組織へと連れ去られてしまう…。