懐疑的な村上良太と野心的な黒猫は、未開の地へと足を踏み入れ、地球外生命体の存在を証明しようとしていた。しかし、そこで悲劇的な事故が発生。黒猫は命を落とし、良太も瀕死の重傷を負う。 あの災禍から十年が経ち、良太は高校で平凡な日々を送っていた。亡き友を偲び、彼は「宇宙人は実在する」と証明することを誓う。そんなある日、転校生・黒羽ネコが突然現れる。彼女は、亡き黒猫に瓜二つで、名前も似ていた。さらに最も不可解なことに、超常的な力を持っているらしい。 良太がネコに興味を抱くにつれ、彼は危険な世界に引きずり込まれていく。秘密研究所から脱走した魔法使いの魔女たちを、危険な科学者たちが追跡しているのだ。ネコもその脱走者の一人であり、同じ境遇の魔女たちは他にも多く存在した。良太は、彼女たちを捕らえようとする者たちから守るため、立ち向かわなければならない。 [Written by MAL Rewrite]