肉丸くんは、現代に生きる天才忍者、肉丸の行くところ大騒ぎ続出!なぜか、いまどき忍者を養成し現代社会に送り込むことを目的とした私立忍の者高校二年生の猿飛肉丸くんは、創立者の孫。チビでまるでゴムまりみたいな少年ですがどういうわけかすごい手練れなのです。そして、現在の校長の娘で同級生の美少女・霧賀魔子ちゃんとは幼馴染で大の仲良し。 この珍妙なコンビが、さまざまな珍事件に巻き込まれて、きょうも神出鬼没の大活躍！