警察を狙った連続殺人事件が発生し、警察内部に大きな波紋が広がる。事件の情報を得ようとする小五郎に対し、目暮警部は意外にも口を閉ざしたまま。その様子を見たコナンは、この事件が警察組織と深く関わっている可能性を考える。そして、次に銃撃の標的となったのは、佐藤刑事だった！偶然現場に居合わせた小蘭は事件の衝撃で記憶を失ってしまう。犯人は口封じのために、唯一の目撃者を殺害しようと企む。事態の重大さを悟ったコナンは、小蘭を守るため、単身で危険を冒し犯人を追い詰める！