二部構成の薄桜鬼劇場版、その第二章。 新選組は江戸を離れ、京都へと戻る。 しかし、彼らを待ち受けていたのは、さらなる戦いと苦難の日々だった。 羅刹となった隊士たちは、己の運命と向き合いながら、己が信じる道を進む。 やがて、新たな敵が現れ、戦いは激化の一途をたどる。 士道を貫く者たちの魂は、果てしない蒼穹の下、どこへ向かうのか。 それぞれの想いが交錯する中、彼らは最後の決断を迫られる。