ごく普通の高校生・桐原有人は、この世界の謎の隠遁作家・アルタナイトL・タキオンによって書かれた「アリス」物語に夢中になっていた。ある夜、彼が自ら構想する「第三の書」の原稿を綴っていると、満月の前を飛ぶ少女の姿が見える…それはまさに、彼が思い描く「アリス」そのものだった。有人は家を飛び出し、地上からその飛翔する影を追いかけ、図書館に辿り着く。そこで彼は、彼女がもう一人の衣装をまとった少女と戦う姿を目撃する。 こうして有人は突然、「アリス」たちの世界に引き込まれる。それは超常の力を備えた少女たちの選ばれたクラブであり、彼女たちは次元を超えた「ワンダーランド」で定期的に戦い、互いの「隠された物語」を奪い合っていた。すべての物語が集められた時、伝説の第三巻「エターナル・アリス」が完成し、その所有者はひとつの願いを叶えられるという。 願いを叶えるのは、おそらく魔法少女に変身できない有人ではない。だが、彼を慕う妹のキラハかもしれない。あるいは、彼が夢見る少女、アリスかもしれない…