我々が知る世界は、実は物語の半分に過ぎない――夏のある朝、七瀬武は突然その事実を知る。剣道の練習に向かう途中、武は見知らぬ制服を着た意識不明の少女を発見する。武は良心的にも彼女を助け、その返礼として目覚めた少女は誤って彼を魔法使いへと変えてしまった。 武が知ることになるのは、自分が暮らす世界と、魔法使いたちの世界が存在するという現実だ。ほとんどの魔法使いは非魔法使いとの平和的共存を望んでいるが、より大きな野望を抱く者もいる。アイバ＝ムイは魔法使いが力を制御し、通常の人間と平和に暮らす方法を学ぶ昴魔法学院に在籍する魔法使いだ。ムイとの運命的な出会いの後、武と新たに魔法使いとなった友人・五十島くるみ、伊田一三は、魔法学院への入学を決意する。 三人の友人はそれぞれ異なる理由で戦い続ける。過去から逃れるためか、未来に追いつくためか。彼らは異なる種類の力を振るい、人間に対する優位性を主張するために暴力を厭わない魔法使い集団「ゴーストトレイラー」と戦うため、その力を制御することを学ばねばならない。 ゴーストトレイラーに追われる武と仲間たちは、より強くなるために修行を重ね、トレイラーの首領と対峙し、第二次大魔法戦争の勃発を阻止しなければならない。