人類と意思疎通不能な異生物・ガウナによって太陽系が破壊され、生き残った人類はごく僅かとなった。彼らは生存をかけて小惑星そのもののような巨大な宇宙播種船シドニアを建造し、宇宙を旅していた。 それから1000年後、シドニア出航暦1009年。地下層部で育てられた少年・谷風長道は祖父の死をきっかけに上層市街へと上がる。そして巨大な人型兵器「衛人」の操縦士養成学校に入学し、初めて外界の人々と接触することとなった。 長道が初めて異性として意識した女性――星白閑。 長道の最初の友人は、無性別の科戸瀬イザナ。 長道に挫折を味わわせた少年――岐神海苔夫。 様々な訓練生たちと共に学園生活を送る長道に、初めての任務が与えられる。困難な任務ではなかったが、長道たちの前に突如としてガウナが出現！100年ぶりの襲撃に遭遇し、人類の一人として長道は何を選択するのか？ 人類存亡をかけた戦いが、今始まる――！