本作では、コブラが再び暗躍を始める。今回、彼らは「ウェザー・ドミネーター」と呼ばれる装置を手に入れた。これは世界の気象を操り、壊滅的な兵器として利用できるものだ。自然現象すらも意のままに操るコブラに対し、ジョー隊はどう戦うべきか。