ヘッドマスターズの大戦が終結した後、地球はしばらく平和な日々を送っていた。しかし、その平穏は長く続かず、地球に潜伏していたディセプティコンが再び活動を開始した。そこで、すでに人間社会に溶け込んでいたオートボットのブリットは再び出動し、ホーク（メタルホーク）の指揮のもと、ギガとメガという二人の人間に率いられたディセプティコンと戦うことになる。 中盤以降のオートボット指揮官は、ジンライという名の若いトラック運転手が引き継いだ。 最終決戦において、オートボットはこの戦争の黒幕であるデビルZを打ち倒すことに成功する。デビルZは死後に一種の物質を放出し、ゴッドマスターズと少年ヘッドマスターズを機械体から分離させ、機械体は独立した自我を持つトランスフォーマーとなった。地球から逃走したディセプティコンを追撃するため、トランスフォーマーとなったジンライはオートボットを率いて地球を離れた。