シノブは私立忍者学園女忍学科の女子生徒。忍者学園は忍者を養成する秘密の学校で、外部の者の出入りは禁止されている。 シノブはここで立派な正義の忍者を目指し、日夜修行に励んでいるが、忍者とは何かをまだよく理解していない。ある日、シノブは忍者の実力を試す試験を受ける。数多くの課題の中から、シノブが引き当てたのは女子高生の下着を盗むというものだった。そこでシノブは不知火楓の部屋に潜入する。その日を境に、シノブは楓のことが大好きになり、ほのぼのとした忍者コメディが幕を開ける…