21世紀初、人類は地球温暖化の影響で陸地の大半を失った。その時、世界各地に突如として現れた、神秘的な超兵器を搭載した「霧の艦隊」と呼ばれる戦艦群に、人類は為す術もなく制海権を奪われ、もはや海を自由に航行することもできなくなった。それから17年後、千早群像と仲間たちは、知らず知らずのうちに潜水艦イ401に乗り込み、イ401のメンタルモデルであるイオナと共に、霧の艦隊との戦いに身を投じる。