有名な将軍の息子である少尉・総角景は、生まれつき妖怪に対する極度の恐怖心を隠して生きてきた。しかし、彼と他の二人が「妖人省」に配属され、妖怪と共に暮らし働くことになると、彼は最悪の悪夢に直面することになる。今、妖狐の櫛松の助けを借りて、彼と同僚たちは半妖の少女たち――ざくろ、すずきほたる、ほうずき、ぼんぼり――と協力し、怪異事件を解決しなければならない。 日本の近代化が進む異世界を舞台に、「おとめ妖怪 ざくろ」は、東と西、内と外、女と男が出会う時に生じる衝突と融合を描く。妖怪の少女たちと人間の将校たちという異色の組み合わせは、変わりゆく世界の中で、互いに協力することを学んでいかねばならない。 [Written by MAL Rewrite]