病弱な少年・翔は、夏休みを伯母の家で過ごすことになった。ある日、家の猫を追って茂みに入ると、彼は驚くべきものを目撃する――指先ほどの大きさの小さな少女がいたのだ。人間の持ち物の小さなかけらで生きる彼らを「借りぐらし」と呼び、少女はアリエッティと名乗る。彼女がポッドとホミリーという両親と共に家の床下で暮らしていることを知った翔は、このような特別な隣人がいることに、言いようもない興奮を覚える。 しかし、彼は彼らが日々直面している困難を理解していなかった。存在を隠すだけでなく、生きるために家の中から屋外まで、人間の領域へと危険な冒険に乗り出さなければならないのだ。両親の警告にもかかわらず、アリエッティは翔と親しくなり、彼らの運命を永遠に変えてしまうかもしれない、予期せぬ出来事を引き起こす。 目を楽しませ、心を捉える、二つの異なる人間の種の間の緊張を超えた友情の、息をのむような物語が始まる。