謎のビデオテープ、千年神器の千年眼の所有者、ペガサス・J・クロフォードがビデオの中で闇のデュエルで武藤遊戯に挑戦するが、武藤遊戯は時間切れで敗北し、武藤双六の魂は千年眼の力によって魂の封印カードに封じ込められてしまう（漫画版ではペガサスが遊戯に送りつけたビデオテープ）。魂を囚われた祖父を救うため、武藤遊戯は仲間たちと共にデュエリストキングダムへ向かい、ペガサスとの決闘に臨む。互いに信頼する仲間たち、そして心の中のもう一人の自分と共に戦いを繰り広げる。