『めざめの方舟』の物語は、生命の地球外起源を描く。六柱の神々（幕間）として宇宙から到来した存在は、水（ショーホ）へと進化し、やがて大気（ヒャッキン）へ、そして大地（クーヌ）へと姿を現す。これらの存在はそれぞれ、五大思想における六つの元素、すなわち地、水、火、風（ヒャッキンの詠唱では「風（かぜ）」と称される）、空、そして意識（映画タイトルでは「めざめ」と表現される）を司っている。